В Nova Hearts события начинаются с необычного события. Загадочное космическое явление меняет жизнь жителей небольшого города Вермиллион. Некоторые из них получают сверхъестественные силы и становятся либо героями, либо опасными злодеями. Главная героиня Люс возвращается сюда, чтобы скрыться от прошлого. Но вместо покоя она обнаруживает у себя новые способности и втягивается в череду опасных событий. Вместе с друзьями Уиллом и СиДжеем она решает выяснить источник этих перемен и защитить город.